El monestir benedictí de Santa Maria de Roses es va fundar a principis del segle X. Sembla que, en el moment de la seva creació, es va aprofitar i reformar una petita església preexistent, construïda al segle IV. El fundador va ser el comte Sunyer II d’Empúries, que va encomanar la fundació del monestir al clergue Argibad. D’aquest fet se’n conserva un testimoni excepcional: una inscripció realitzada aprofitant el revers de l’antic altar de l’església.

L’emplaçament del monestir, molt proper al mar, en un context d’inestabilitat i inseguretat, va determinar que fos concebut des del principi com un conjunt compacte i fortificat, envoltat per muralles, gairebé com una fortalesa. Les excavacions arqueològiques han permès identificar restes del primer recinte emmurallat, que sembla haver estat lleugerament més petit que el que es pot observar actualment.

Els abats del monestir van exercir funcions pròpies de senyors feudals i van ser propietaris d’una part important de les terres de l’entorn. Tot i que el monestir va anar perdent influència i poder a partir del segle XV, va continuar en funcionament fins a finals del segle XVIII. Encara que la població civil havia abandonat la Ciutadella ja al segle XVII, la comunitat continuava acudint al monestir, ja que l’església exercia funcions parroquials i al seu entorn s’hi trobava el cementiri del poble.

La inscripció fundacional La inscripció que explica la fundació del monestir aprofita el revers d’una taula d’altar, probablement procedent de la vella església tardoantiga. En el text, el comte Sunyer II encomana a la seva muller i als seus fills que encarreguin l’obra al clergue Argibad. Al final de la inscripció, el mateix Argibad certifica haver complert l’encàrrec.