Les restes visibles actualment de l’església de Santa Maria no corresponen a l’edifici original del moment de fundació del monestir, al segle X, sinó a una construcció del segle XI. L’església es va consagrar l’any 1053, fet que indica que l’altar ja estava acabat i que s’hi podia celebrar el culte, tot i que les obres del conjunt no necessàriament estiguessin completades en aquella data.

L’estat de ruïna actual de l’edifici es deu en gran part als bombardeigs de finals del segle XVIII. L’absis principal, avui reconstruït, es va ensorrar a conseqüència d’un incendi als anys trenta del segle XX. Malgrat tot, encara és possible identificar clarament l’estructura original de l’església, construïda segons la tècnica del denominat primer art romànic.

L’edifici presentava tres naus curtes cobertes amb volta de canó semicircular, un ampli transsepte i una capçalera formada per un absis central semicircular i dues absidioles laterals. El portal occidental data dels segles XII-XIII. Aquest portal es va trobar caigut i va ser reconstruït durant les obres de recuperació de l’edifici a mitjan segle XX.

El capitell Pràcticament no s’ha conservat decoració escultòrica de l’església. Destaca, però, el capitell nord de l’arc triomfal, conservat in situ. Datat a mitjan segle xv, representa tres arcàngels que sostenen un text escrit en lletra gòtica minúscula amb les paraules de l’himne de la bona nova, basat en l’Evangeli segons Lluc (2,14): Gloria in excelsis Deo et in terra…. El text es devia completar al capitell sud amb la continuació: et in terra pax hominibus bonae voluntatis.